信息工程系主要开设计算机及应用、物联网、计算机网络技术、平面设计、数字媒体、轨道交通等相关专业，本系是教育部、劳动保障部、信息产业部等六部委联合确定的国家技能型紧缺人才培养培训基地，建有一个省级职业学校示范专业、三年制中职和五年制高职两个省级职业学校品牌专业，一个省级课改实验点、首批省现代化专业群、首批省高水平示范性实训基地、首批省现代化实训基地。本专业契合行业企业实际需求，开展项目教学提高学生的职业能力。与神州数码、淘金科技等多家企业进行校企合作，创新人才培养模式；系部与南通职业大学电子信息工程学院联合办学，组建了“3+3”数字媒体专业；与南通科技职业学院联合办学，组建了“3+3”计算机网络技术专业。实训基地建有ATA高新技术技能鉴定考试站、1+X证书行业培训考核点，每年有数百学生通过ATA行业认证考核，多年来向社会输送了大量计算机网络管理、软件开发、平面设计等方面的IT中高级人才。

信息技术实训基地每年都投入百万元以上建设实训室和更新实训设备，如今信息技术实训基地建有众多基础和专业实训室，完全能够满足信息工程系各专业人才培养的需要，培养的学生受到了用人单位的普遍欢迎，系部多年承办南通市信息技术类技能大赛和江苏省省职业学校“智能家居”技能大赛，每年系部都有数十名学生被选拔参加各级各类职业技能集训，很多学生通过选拔，代表学校参加全市、全省、全国各级各类技能大赛，并在全市、全省职业学校技能大赛中获得了数十个一等奖以及全国职业院校技能大赛一、二、三等奖，成为南通中专学生的“成功典型”，很多学生通过技能大赛这一平台被普通高校顺利录取，进入高校深造，毕业后很多学生成为企事业单位的骨干，其中也有部分优秀毕业生回母校任教，成为南通中专的优秀教师群体。